Berdasarkan Pasal 27 Peraturan Menteri Hukum dan Hak Asasi Manusia Republik Indonesia Nomor 18 Tahun 2015 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Pembinaan Khusus Anak bahwa Lembaga Pembinaan Khusus Anak Klas II memiliki susunan organisasi yang terdiri atas:
- Sub Bagian Umum
- Seksi Registrasi dan Klasifikasi
- Seksi Pembinaan
- Seksi Pengawasan dan Penegakan Disiplin